Mức kỷ luật đối với ông Nguyễn Trường Sơn là khiển trách. Việc kỷ luật là do ông Nguyễn Trường Sơn đã có vi phạm, khuyết điểm trong công tác và Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã thi hành kỷ luật về Đảng. Ủy ban Kiểm tra Trung ương họp, đã xem xét kết quả kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm đối với Ban Cán sự Đảng Bộ Y tế nhiệm kỳ 2016-2021.
Ban Cán sự Đảng Bộ Y tế đã vi phạm các nguyên tắc hoạt động của Đảng, Quy chế làm việc của Ban Cán sự Đảng; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, để Bộ Y tế, Cục Quản lý dược, nhiều đơn vị, cơ sở khám chữa bệnh và cá nhân vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong công tác xây dựng, ban hành thể chế, chính sách; trong việc cấp phép nhập khẩu thuốc, thực hiện liên doanh liên kết, đấu thầu, mua sắm thuốc, trang thiết bị y tế và vật tư tiêu hao; để nhiều cán bộ, đảng viên bị kỷ luật, một số bị xử lý hình sự.
Những vi phạm nêu trên đã gây hậu quả nghiêm trọng, thất thoát, lãng phí tiền, tài sản của Nhà nước, thiệt hại cho Quỹ Bảo hiểm y tế, ảnh hưởng lớn đến chủ trương của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước về bảo vệ và chăm sóc sức khỏe nhân dân, gây bức xúc trong xã hội, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và ngành y tế.
Xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả vi phạm của Ban Cán sự Đảng Bộ Y tế, một số cá nhân và cấp ủy, tổ chức đảng liên quan; căn cứ quy định của Đảng về xử lý kỷ luật tổ chức đảng và đảng viên vi phạm, Ủy ban Kiểm tra Trung ương quyết định thi hành kỷ luật khiển trách ông Nguyễn Trường Sơn, Ủy viên Ban Cán sự Đảng, Thứ trưởng Bộ Y tế.