Sau một thời gian lâm bệnh nặng. Mặc dù đã được Đảng, Nhà nước, tập thể các giáo sư, bác sĩ và gia đình tận tình chăm sóc, cứu chữa, song do tuổi cao, sức yếu, Đồng chí đã từ trần hồi 19 giờ 40 phút, ngày 26/11/2021 tại Bệnh viện Hữu nghị Hà Nội. Ông hưởng thọ 80 tuổi.
Hơn 50 năm hoạt động cách mạng, Đồng chí đã có nhiều đóng góp cho sự nghiệp cách mạng của Đảng và của dân tộc, được Đảng, Nhà nước tặng thưởng Huân chương Độc lập hạng Nhất, Huy hiệu 50 năm tuổi đảng và nhiều huân, huy chương cao quý khác.
Để tỏ lòng thương tiếc và ghi nhận những thành tích, cống hiến của đồng chí Hà Mạnh Trí, Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, Chủ tịch nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam quyết định tổ chức lễ tang đồng chí Hà Mạnh Trí với nghi thức Lễ tang cấp Nhà nước.