Trong kế hoạch cuối cùng, al-Qaeda đă chốt mục tiêu tấn công, gồm: Trung tâm Thương mại Thế giới, Lầu Năm Góc, Đồi Capitol (trụ sở Quốc hội Mỹ) và loại bỏ Nhà Trắng.
Abu Zubaydah, một thành viên al-Qaeda bị bắt giữ, khai rằng, lúc đầu Zacarias Moussaoui, tên không tặc thứ 20 trong nhóm thực hiện vụ 11/9, có ư định cướp chiếc máy bay thứ năm và cùng với Richard Colvin Reid sử dụng hệ thống GPS để định vị Nhà Trắng. Tuy nhiên, cuối cùng, kế hoạch này đă không được chóp bu al-Qaeda “phê duyệt”, v́ không khả thi.
Chiến dịch Bojinka
Những thông tin do Wikileak mới công bố cho thấy, các vụ tấn công khủng bố ngày 11/9 bắt nguồn từ Chiến dịch Bojinka (Thượng đế) do Khalid Sheikh Mohammed (KSM) và cháu trai của ḿnh, Ramzi Yousef hoạch định. Giai đoạn đầu của kế hoạch là ám sát Giáo hoàng John Paul II, Tổng thống Mỹ Bill Clinton, Tổng thống Pakistan Pervez Musharraf, bà Benazir Bhutto và cho nổ bom 11 máy bay chở khách.
Các giai đoạn hai và ba của kế hoạch sẽ sử dụng các máy bay nhỏ có mang theo chất nổ đâm vào trụ sở Cục T́nh báo Trung ương Mỹ (CIA) và nhiều mục tiêu khác. Âm mưu này đă bị cảnh sát Manila phát hiện ngày 6.1.1995 và tên Abdul Murad Hakim đă bị bắt. Ramzi Yousef cũng bị bắt tại Pakistan hồi tháng 2/1995, c̣n KSM đă trốn thoát. Sau đó, ngày 1/3/2003, tên này bị cơ quan t́nh báo quân đội Pakistan bắt ở Rawalpindi.
Lần đầu tiên KSM tŕnh bày ư tưởng về kế hoạch trên cho Osama bin Laden vào năm 1996 tại Afghanistan. Tuy nhiên, vào thời điểm đó, bin Laden và al-Qaeda đang trong quá tŕnh chuyển đổi, và vừa di chuyển từ Sudan về Afghanistan, nên bin Laden không đưa ra bất kỳ chỉ thị nào. Mohammed cũng thay đổi ư tưởng giai đoạn II và III. Các thủ lĩnh al-Qaeda thấy thích ư tưởng này.
Leg: Máy bay khủng bố lao vào Trung tâm Thương mại Thế giới.
Thay v́ sử dụng các máy bay nhỏ mang theo chất nổ, Mohammed đă lên kế hoạch sử dụng các máy bay thương mại và đường dài. Bởi mỗi chiếc máy bay thương mại đường dài mang theo 91.000 lít xăng, có thể trở thành quả bom lửa bay.
Theo kế hoạch, 9 chiếc máy bay sẽ đâm vào 9 mục tiêu, gồm: Trung tâm Thương mại Thế giới, Lầu Năm Góc, bang Virginia, Nhà Trắng, Đồi Capitol, ṭa nhà cao nhất Los Angeles (nay gọi là US Bank Tower), Sears Tower, cả ṭa tháp của Bank of America và Space Needle ở Seattle (bang Washington), và ṭa nhà Empire State ở New York. Mohammed cũng muốn tự ḿnh cướp một máy bay chở khách thứ mười, giết tất cả đàn ông trên máy bay, hạ cánh ở Mỹ, ra một tuyên bố chính trị và sau đó thả tất cả phụ nữ và trẻ em trên máy bay.
Hủy bỏ mục tiêu ở châu Á
Cuối năm 1998 hoặc đầu năm 1999, bin Laden đă triệu tập KSM tới Kandahar và chấp thuận để tên này tiếp tục triển khai kế hoạch này với tên gọi là “chiến dịch máy bay”. Ngoài việc đâm máy bay vào các ṭa nhà chọc trời ở Mỹ, al-Qaeda c̣n muốn đồng thời gây ra các tai nạn máy bay ở châu Á, có thể được thực hiện bởi các điệp viên không được cấp thị thực vào Mỹ và không được huấn luyện lái máy bay.
Nhưng đến đầu năm 2000, bin Laden hủy bỏ phần châu Á của chiến dịch, do những khó khăn trong việc phối hợp. KSM có thể đă sắp xếp để bắt cóc 6 chiếc máy bay, nếu y t́m đủ số không tặc để thực hiện ư định của ḿnh. Tên này cũng cân nhắc đến giai đoạn II của chiến dịch, song do mất quá nhiều thời gian vào kế hoạch hiện hành nên không c̣n khả năng triển khai giai đoạn kế tiếp.
Một loạt các cuộc họp đă diễn ra vào mùa Xuân năm 1999, với thành phần gồm KSM, Osama bin Laden và cấp phó Mohammed Atef. Bin Laden đề nghị đưa 4 tên, bao gồm: Nawaf al-Hazmi, Khalid al-Mihdhar, Walid Muhammad Salih Bin Attash (Khallad), và Abu Bara al-Taizi vào chiến dịch này. Al-Hazmi và Al-Mihdhar đă có kinh nghiệm thánh chiến tại Bosnia và điều quan trọng hơn, chúng đều là công dân Saudi Arabia, v́ thế sẽ ít gặp khó khăn trong việc xin thị thực vào Mỹ.
Khallad và Al-Taizi đều là công dân Yemen, nên không dễ có được thị thực vào Mỹ. Hai nhân vật Yemen này được chỉ định cho phần châu Á của chiến dịch. Song khi Mohamed Atta và các thành viên khác của mạng lưới Hamburg tới Afghanistan, Bin Laden đă chọn chúng tham gia vào kế hoạch và trao cho Atta quyền lănh đạo.
Nhóm Hamburg ở Đức đóng vai tṛ quan trọng trong các vụ tấn công 11/9. Nhóm này h́nh thành vào năm 1998 ngay sau khi kế hoạch của Mohammed được ban lănh đạo al-Qaeda phê chuẩn. Các thành viên của nhóm gồm có: Mohamed Atta, Marwan al-Shehhi, Ziad Jarrah, Ramzi bin al-Shibh, Said Bahaji, Zakariyah Essabar, và mười lăm người khác.
Lúc đầu, bin al-Shibh dự kiến là một trong những phi công không tặc, cùng với Mohamed Atta, Marwan al-Shehhi và Ziad Jarrah. Từ Hamburg, bin al-Shibh đă đăng kư học lái máy bay ở Mỹ. Đồng thời, cũng đăng kư khóa học Aviation Language Services để dạy ngoại ngữ cho các phi công theo học. Bin al-Shibh xin thị thực nhập cảnh vào Mỹ bốn lần song đều bị từ chối. Do không thể nhập cảnh vào Mỹ, bin al-Shibh đă đóng vai tṛ "điều phối" trong kế hoạch này và là sợi dây liên kết giữa Atta tại Mỹ với KSM ở Afghanistan.
Thông tin thu được từ các tù nhân tại Guantanamo cho biết, KSM đă xem tường thuật các vụ khủng bố 11/9 trên truyền h́nh tại một ngôi nhà an toàn ở thành phố cảng Karachi của Pakistan, cùng với các thành viên khác của al-Qaeda. Trong số này có tên Bali RiduanIsmuddin, thường được gọi là “Hambali”, kẻ chủ mưu vụ đánh bom Bali. C̣n bin Laden, 4 ngày sau các vụ tấn công đă đến tỉnh Kandahar, Afghanistan.
Trùm khủng bố kêu gọi các chiến binh Arab tụ tập ở đó “bảo vệ Afghanistan chống lại những kẻ xâm lược vô đạo” và “chiến đấu nhân danh thánh Allah”. Đó là thời điểm bắt đầu 3 tháng liên tục di chuyển của bin Laden và Zawahiri.
Đức Tâm/DV